從甲午戰爭後割台（1895）到台灣光復（1945），台灣成為大日本帝國領土，歷時五十年。日本領有台灣以後，為了鞏固台灣的統治、調節日本過剩人口、未來往熱帶地區發展預作準備，以及國防上、同化上等目的，日本政府擬定移民政策，在台灣進行移民事業。

台灣總督府於1899年第一次頒布有關市區計畫的訓令，同時獎勵日本農民移墾台灣；1910年日本開辦的第一批移民住進東台灣吉野村；1936年台灣拓殖株式會社正式開業，日本再積極獎勵一般日人移住台灣，企圖從日常生活的食、衣、住、行等各方面來改造台灣的傳統面貌。

歷史性建築能揭開一個地區的歷史文化，美崙溪畔日式宿舍就是扮演日據時代花蓮自然景觀演變、歷史文化發展、社會人文精神的窗口。回溯花蓮真正較有規模的建設，其實始於日據時代，特別是1920年代以後的文官總督時期（1919-1936），當時的移民村規劃及周邊的交通設施建設，爲花蓮往後的城市發展奠定了良好的基礎。

2005年初，花蓮市多處日式宿舍一一拆建，幸而美崙溪畔日式宿舍在社區居民積極主動連署保存古蹟的行動下，經中央古蹟審查委員通過，列入縣級古蹟及歷史建築。