守護過程中，社區志工與學校、NGO不斷討論此空間未來的經營模式，整理出陸軍港歷史空間再利用經營運作之階段重點與建議分述如下：

一、暫時性經營策略
（一）不堪用的空間：由於空間維護管理不易，針對不堪用的空間，建議先以簡單透明竹籬、綠美化的方式整理庭院，避免髒亂及被佔用破壞。
（二）堪用的空間：本計畫已修復一棟示範性建築空間，建議提供NGO社團租借空間上課，帶進人潮，持續擴大社會的關注，讓更多人接觸此空間，不必等到全部修復才開放，而是同時進行守護工作。這樣的過程又可持續性地收集對於歷史空間再利用的建議，這是一種參與式的行動過程，同時間處理空間與社會的課題。此外，為因應NGO團隊進駐或租借空間使用，擬訂「陸軍港歷史聚落管理暫行辦法」，提供管理者與使用者依據。

二、短期性經營策略
（一）搶修計畫：原住戶遷離半年即遭受破壞及偷竊的事件，加上自然因素的威脅，建築本體損毀的速度加快。建議先以將軍府及周邊毀損較嚴重之歷史建築進行搶修。
（二）加強協調溝通與爭取資源：本區地屬國防部，管理權委託文化局，守護單位民生社區，規劃單位東華大學；目前國防部仍未將管理權委託，造成管理維護上諸多不便，無法發揮整理搶修及守護效益。另外，文化局積極爭取更多相關資源，包括政府部門間（社會局、青輔會）、社團組織、在地企業等，以利長遠發展。
（三）經營主題：花蓮的地方發展模式來看，觀光的因素不可少，建議以日本移民文化作為形塑此空間的營運主題，凸顯本區風格；另在地NGO組織的活動舉辦，以社區居民的需求，安排學習不同的知識與美感經驗，了解生活環境的一景一物，使彼此的資源可以相互輔助，增強「人力資源」與「資訊」網絡的緊密連結性。

三、中長期發展構想
（一）作為本縣文化資產保存的楷模：美崙溪畔日式宿舍是由社區居民積極提出申請保存的，列入古蹟及歷史建築後的守護工作，居民仍持續參與，而這些守護經驗應被推廣，開起花蓮在地社區文化資產守護運動。此空間作為本縣文化資產保存的楷模，與文建會推動之社區文化資產守護網接軌。
（二）連結周邊歷史空間：美崙溪畔日式宿舍位居目前花蓮重要文化資產之核心，包括松園別館、山林事業管理所、花蓮女中校長宿舍、東線鐵道遺址歷史建築、花蓮酒廠、郭子究音樂紀念館…等，並結合美崙溪流域的人文與自然生態環境資源，新文化資產項目下之文化景觀區在此隱約成形。建議以顧及文化導覽與深度休閒遊憩的規劃導向，進行附近文化資產的聯合活動籌備會議，並推動文化資產守護的經驗交流與整合機制。
（三）多元經營規劃：目前歷史空間再利用之經營類別有展示中心、藝文活動、休閒遊憩、飲食消費等，再利用發展已逐漸轉向多元方向來發展。建議初期基礎設施的投入由公部門作一定程度的投資，後續接著進駐使用空間者，以使用者付費的觀念，收取基本營運管理維護費用或是回饋基金。而商業營利如飲食、禮品等販賣部，則由管委會決定環境氛圍的營造，如商品加入本區符號意象，日式餐飲、和風民宿生活體驗等。也可結合教育性質的社會服務，提供校外教學、展場出租、導覽解說、及日本相關研習課程。